Zaman Pemerintahan Islam

Walaupun Al Quran tidak menyebut mengenai nama "Baitulmuqaddis" tetapi hadith ada menyebut mengenainya. Menurut hadith sahih, adalah di Baitulmuqaddis Nabi Muhammad s.a.w. naik ke syurga semasa peristiwa Israk Mikraj. Kota itu kemudiannya ditawan oleh angkatan tentera Islam pada tahun 638 masihi. Saidina Umar Al-Khatab secara peribadi pergi ke Baitulmuqaddis untuk menerima penyerahan Baitulmuqaddis kepada kerajaan Islam. Beliau seterusnya ditawarkan bersembahyang di dalam Church of the Holy Sepulcher tetapi menolaknya dan sebaliknya meminta supaya dibawa ke Masjidil Aqsa Al Haram Al Sharif. Beliau mendapati tempat itu terlalu kotor dan mengarahkan supaya pembersihan dijalankan. Beliau kemudiannya membina sebuah masjid kayu di tempat yang sekarang merupakan kompleks bangunan Masjid Al Aqsa.

Pemandangan Udara Al-Haram Al-Sharif, dengan Qubbat As-Sakhrah di tengah, Tembok Barat dan Masjid Al Aqsa di bawah.
Enam tahun kemudian, Qubbat As-Sakhrah dibina. Struktur ini terdiri daripada sebuah batu yang dikatakan tempat Nabi Muhammad s.a.w. berdiri sebelum naik ke syurga semasa peristiwa Israk Mikraj. Perlu diingatkan bahawa kubah yang bersalut emas dan berbentuk oktagon ini tidak sama seperti Masjid Al Aqsa di sebelahnya yang dibina tidak lama kemudian. Semasa pemerintahan awal Islam, terutamanya semasa pemerintahan kerajaan Ummaiyyah (650-750) dan kerajaan Abbasiyyah (750-969), kota Baitulmuqaddis berkembang. Ramai orang berpendapat Baitulmuqaddis pada ketika itu merupakan tanah yang paling subur di Palestin.

Pemandangan kaum wanita Muslim Baitulmuqaddis di Al Haram Al Sharif berlatar belakangkan Qubbah Al Sakhrah
Pemerintahan awal Islam juga mewujudkan sebuah tolenrasi di antara kaum. Namun semasa pemerintahan Al-Hakim Amr Allah, seorang khalifah kerajaan Fatimiyyah, beliau mengarahkan supaya semua gereja dan rumah ibadat bukan Islam dimusnahkan. Hal ini menyebabkan berlakunya Perang Salib. Pada tahun 1099, tentera Kristian Eropah menakluk Baitulmuqaddis. Mereka kemudiannya membunuh kesemua penduduk bukan Kristian yakni Muslim dan Yahudi.

Gambaran Pelukis mengenai Salahuddin Al-Ayubbi pejuang umat Islam yang membebaskan Baitulmuqaddis daripada tentera Salib.
Baitulmuqaddis kemudian dijadikan ibu kota Kerajaan Kristian Baitulmuqaddis (Kingdom of Jerusalem). Kerajaan ini kekal sehingga tahun 1291; Baitulmuqaddis sendiri ditawan oleh Salahuddin Al Ayubi pada tahun 1187. Salahuddin juga membenarkan semua orang beribadat di Baitulmuqaddis tidak kira sama ada Kristian, Muslim atau Yahudi. Pada tahun 1243, Baitulmuqaddis jatuh kembali ke tangan orang Kristian sebelum jatuh kembali ke tangan orang Islam pada tahun berikutnya.
Pada tahun 1517, Baitulmuqaddis ditawan oleh Empayar Turki Uthmaniyyah. Sulaiman Al Qanuni membina semula tembok Baitulmuqaddis yang dapat kita lihat sehingga ke hari ini.